要让朝廷下弃保漕运的决心和让朝廷放弃运河，完全是两回事。京杭运河的功能，不仅是保漕粮运输，它还有一个作用不容忽视——将南北两京的空间距离拉的很短。
运河全部无法通航的时候，商贾行人在两地陆路通行时间从原先的十天一下子能拉长到一个月——这般低效绝对影响朝廷对整个江南这一赋税重地的治理，也影响南北的商品流通。
因此，潘季驯所谓弃保漕运，仅仅是说弃保漕粮运输。也就是说如果不用运河来运漕粮，那么就不必让三千里运河随时保持贯通状态——会极大的减少黄河的治理难度。
最初，为了满足朱翊钧保漕运、保祖陵、保民生的“三保”要求，潘季驯的第一版治河报告中，向朝廷提出的治河之法受限很大，他既不敢加高家堰大坝蓄水攻沙，又不敢扩大微山湖影响民生保运，因此所做的工作全数是小打小闹，修修补补，和朱衡的手段差不多。
即使朱翊钧这个半外行看来，这一版方案也无法解决黄、淮密集泛滥的问题。
万历时期的黄河，已经固定在新郑——徐州——淮安一线数百年，直到清末才在河南铜瓦厢再次决口北归，结束了黄淮合流的历史。
永乐十八年，成祖迁都北京，京杭大运河成为了命脉。而大运河中徐州到清口的长达五百里的运道，必须得到黄河水的接济才能保持畅通。
而黄河在两淮和鲁西南地区的横冲直撞，分流众多，严重影响漕运。
于是，这段时间明代朝廷的治水思路是“南堵北疏，抑河南行，以保漕运”，利用长堤约束，把淮河及其支流作为黄河洪水的下游通道。弘治帝和嘉靖帝分别修建金堤和南堤，就是这种思想指导下的产物。
这样思路和做法，带来的直接后果是将黄河的泥沙淤积到淮河下游，导致原来深广的淮河被淤积成地上河，淮河水系遭受了巨大破坏。而争不过黄河的淮河，又另辟蹊径，冲入长江，导致长江下游水流增大，给苏松地区也带来了巨大的防洪压力。
可笑的是，朝廷只要保住漕运，两淮地区生民之苦，根本不在明代朝廷的考虑范围内。永乐十四年，黄河在开封决口，泛滥十四州县，由涡河入淮。因未危及运道，当时朝廷居然听之任之，让黄河漫流四十余年，听之任之。
其后的正统、景泰、弘治、嘉靖年间，黄、淮河数次超级大水灾，朝廷的思路一直不变，仍以保运道为主，将黄淮大地的生民置之不理。
当时的豫东南、皖西北一带，简直成了水乡泽国，凤阳、泗州、淮安等地，长受灾患，朝廷漠视灾民流转哀号而不救。
后世广为流传的一段凤阳花鼓道出了明廷给生民带来的锥心苦楚：“说凤阳，道凤阳，凤阳本是个好地方，自从出了朱皇帝，十年倒有九年荒。大户人家卖骡马，小户人家卖儿郎”
这段歌词即为明人所写，第一句的原文为：“家住庐州并凤阳”，后世的邓丽君还根据这首民歌创作了流行歌曲凤阳花鼓。
随着潘季驯调研的深入，以及朱翊钧弃保漕运政策在脑海中逐渐成型，潘季驯在摒弃了“南堵北疏”治河思路的基础上，完整提出了后世让其得享大名的方案：加高加宽高家堰，积蓄洪泽湖水，利用洪泽湖水实施“束水攻沙”工程，刷深黄河淤积的水道，增大下游流量，从而减少两河泛滥。
这一治河思路，原时空一直被贯彻的满清末年。但在明代，有一个死结难以解开——高家堰加高，洪泽湖扩大加深，黄、淮河汛期到来时，会威胁到祖陵安全。因此，“束水攻沙”一直到明代灭亡，也始终是一个半吊子工程，黄淮河的泛滥还是多发。
朱翊钧和张居正等阁臣反复商讨，又请示了陈、李两位太后，到最后也下不了动迁祖陵的决心。——现在真要这么干，政治阻力太大了，说动摇国本都不为过。
但不迁祖陵，“束水攻沙”的效果就大打折扣，大明朝始终就要在这两条河流的威胁下苟延残喘，大量的资源投入到救灾补漏的恶性循环之中——这又是朱翊钧所不能容忍的。
而且，因为本时空潘季驯调研的比较深入，在第二版报告中，还提出了“束水攻沙”这一策略的短板。由于“黄淮合流”这一根源问题没有解决，且“黄强淮弱，黄高淮低”这一因素的作用，当汛期之时，淮河水道并不能全部容纳下泄的洪水，会导致回水倒灌洪泽湖，将洪泽湖的清水口淤塞。
长此以往，一方面影响“束水攻沙”的效果，另一方面水流变缓后，徐州以下还会形成悬河。
潘季驯在第二个方案被皇帝否定之后，终于再次大其心，这次终于大的没边了——他居然想用一连串堤坝工程和开挖新河，单独恢复黄河、淮河的入海通道！
具体思路是，先把黄河进入洪泽湖和原淮河的入水通道都截流，利用一连串的堤坝和旧河道，迫使黄河北上入海。然后以洪泽湖为枢纽，将淮河水放入旧河道，并截断淮河和长江的联系。
这一宏伟工程，将利用新开的加上以前的，共两条河道交替使用，来彻底解决黄河的淤积问题。施工方案如下：
首先开通新河道，将夺淮的黄河引开北上。同时将高家堰加高、加宽，蓄积淮水，再从洪泽湖西南部出湖，利用黄河的旧河道入海，将旧河道刷出来。
当旧河道刷出来一部分后，截断淮河进入长江的通道，将淮河水全部引入洪泽湖，扩宽洪泽湖西南清水口，加大刷河力度。
当黄河新河道二三十年后逐渐淤积时，将关闭黄河河闸，新修堤坝，将黄河导入洪泽湖，引入已经冲刷完成的淮河（老黄河）之中；同时再打开洪泽湖东北部大水闸或直接破开堤坝，用新修的堤坝将进入洪泽湖的淮水导入“新黄河”中，冲刷已经淤积的新黄河。
如此交替利用两条河道，一清一浊反复，一方面解决了黄淮河合流后，汛期洪水倒灌，洪泽湖清口的淤积问题；另一方面，交替使用两条河道，使黄河淤积这一千古难题得到根本性的解决。最后，因为洪泽湖有了两条出水口，将大大缓解祖陵的压力。
这一方案唯一短板在于黄河入洪泽湖期间，将导致洪泽湖出现淤塞，枢纽失灵。但是潘季驯判断，因为淮河位置较低，当再次重新改换河道后，洪泽湖内淤积的泥沙将被冲下去大部分，不会成为大患——为了百年之计，可在洪泽湖外留下一部分土地不予开发，充当泄洪区备用；也可在旱季进行洪泽湖的疏浚清淤工程，扩大库容。
这个方案若能成功，将一箭多雕，同时满足皇帝既保祖陵、又保运河，还保民生的要求。而且，利用这全国性的大工程及周边的配套水利工程，将使常年受灾的两淮和黄河流域成为粮米之乡——真正的功在千秋。
张居正当时看了潘季驯上交的第三份报告所耗费的钱粮、工役，猛吸凉气，二话没说，直接判第三份报告死刑。但朱翊钧见之，心里大为惊喜。
新中国建国后，治理黄、淮河采用的方式和潘季驯第三方案只有一小部分类似，最大的区别是没有彻底改变淮河仍为长江支流的状态，而且也当时黄河也改道了，因此治理两河均属于单流域治理。——黄河的淤积问题，到了新世纪其实已经不用解决，因为黄河下游基本上快断流了。
这一方案，后续效果将非常的鼓舞人心：一方面将三河联动，一涝皆涝的水域状态打破，利用黄、淮河单独入海的方式，一次性解决黄淮河争流问题和长江下游水量过大问题。此后，黄河、长江、淮河三条主要河流的防洪和治理以后就成为单流域问题。
第二方面，两河利用洪泽湖及周边连串湖泊作为枢纽，轮流使用“束水攻沙”治理黄河的方略，将使黄河淤积危害的问题得到有效控制。
第三方面，两河齐出，洪泽湖蓄水压力减小，也保了明祖陵——当然，要想一劳永逸，朱翊钧打算，将来在时机成熟后还是要将祖陵迁走。
最后，这一核心工程加上配套的相关水利设施，将改变常年受灾的黄淮地区浊浪滔天，泥沙俱下的景象，把整个淮河流域、黄河流域都变成鱼米之乡！虽不能一劳永逸，但至少将黄、淮河连年决口并影响长江下游的问题解决一大半——除了工程量大，没别的毛病。
朱翊钧判断，这份方案虽然所动用的人力物力极其惊人，但是在此时确实有实现的可能：
新中国治理淮河时，淮河周边已经大小城市密布，根本迁移不得，因此采用了上游建坝，下游分流的方法，主流还是注入长江。
但在本时空的此际，一者由于黄淮河的常年泛滥，黄淮平原一直到苏北地区一直没有形成大规模的聚居城镇，大部分地区都是沼泽和田地，移民压力不是很恐怖，在承受范围之内；
二者朝廷现在有一大笔钱，可以启动这项工程；
三者大规模开发东北将形成一个人口压力降低的短暂窗口期，等东北开发成熟了，人口压力还会上行增大，那时候移民将更加困难。
因此，朱翊钧在通盘考虑了潘季驯的第三方案后，觉得这次黄故道的修复，很可能是改变中华民族常年水患的一次千载难逢的机会！
再说，张居正不敢想的事情，朱翊钧作为穿越者，还不敢想一想？
万历二年年底，潘季驯结束了全国各流域的考察，到京师述职。在朱翊钧主导下，秉承着边施工边完善方案的原则，在万历三年先进行准备工程。
因此，这第三方案一直秘而不宣，万历三年全国干的的热火朝天的，其实是第二、第三方案都要干的初期工程和农田水利基础工程。
直到河漕改海时潘季驯被攻击时，朝廷才公布出来一部分，主要是加高、加宽高家堰工程——尚不足第三方案总工程量的十分之一。
即便如此，也把集火潘季驯的反海运派压制到无语。
本时空的万历三年年底，随着河漕改海在朝野上下达成共识，加上黄河在今年的再次大泛滥，终于让本时空的朝廷痛定思痛。朱翊钧先说服内阁，后又推动朝廷通过了第三方案，拟第一期即投入一千二百万两白银，并陆续追加到总金额三千万两，以二十年为期，完成全部以新黄河入海通道为核心的全流域治水工程！