“阮元，你……你这是篡改朱子本意！”方东树素来以朱熹言理之道为至论，这时听闻阮元以朱子“论礼”之言试图论证朱子同为“以礼代理”之人，当即勃然大怒，竟向阮元直呼其名：“朱子晚年，纵有一二论礼之言，其学问之大端，仍在天理之理！且不论其他，朱子身殁之前四日，仍亲手修改《大学章句》，竭心血于天理之事，怎得到了你这里，竟而寻章摘句，强言朱子晚年所重，在礼仪之礼而非天理之理？那一二书信不过偶一言之，就可以代表朱子晚年之意了？似你这般以偏概全，篡改圣道，只会流毒万世，使后世学子尽入歧途！”
“那你所言朱子修改章句，又如何可以证明朱子晚年，言天理之理胜过言礼仪之礼？”阮元被方东树多次叱骂，心中自也多了几分怒气，便向方东树继续辩道：“那我再举一例言之，依上古之礼，殷人尚白，周人尚赤，这是礼仪之限，而非天理之限，所以若是有一周人，竟然尚白，则可以不和礼仪之言折之。可反过来说，若是周人尚白，而你只言此周人之行不和天理，那究竟是什么天理，决定了周人必须尚赤呢？这便是以礼代理的必然！百姓士人，若是有一个明确的礼仪标准，自然会循礼而行，不敢逾矩。可若是以虚无缥缈的天理作为标准，那人人都可以说对方之言之行不合天理，只因为这天理之理，完全取决于言理之人的个人判断！若是每个人都只用个人判断大行其是，那天下必将纷乱不已，也不可能出现一个公认的标准，到那个时候，天下丧乱，才是难以挽回！”
“庸俗，你这话跟戴震一样庸俗！”方东树却依然坚持自己的认识，对阮元冷笑道：“正是因为天理不能以具体的形象出现，不执着于具体的规矩，而是真正的无所不容，无论千变万化，皆出于天理一源，它才是天理！你非要用可行可见之事来代替天理，只会让人死板教条，抱着固定的规矩不放，却忘了天理本不是拘泥之理！再说了，你们口口声声说要用可行可见的规矩，来代替不可见闻的天理，那你等又做了什么？就以解释经典而言，你们认为，论理之说虚无缥缈，所以需要用切实可见的训诂是吗？既然如此，那你们汉学之人，为何讲论经典之言，同样存在那么多差别？同样是治《易经》，惠栋有惠栋的解释，焦循有焦循的解释，焦循之后，这还有不少人想着重注《周易》，这说明了什么？这说明惠栋焦循之流，哪怕有了训诂作为标准，依然无用！既然你所谓明确可见的办法，还是不能得到一个共识，那你又有何资格，来强说天理的不是！”
“治学之道，我阮元看来，在于‘博学而算’四个字。的确，在很多儒学问题之上，即便全从训诂，也一样会因为一字多义，而产生认识差别。但这并非没有破解之法，那便是博学！读书多了，认识的事情多了，自然会在歧义之中寻找到最合适的那种解释，这便是博学而算，乃是基于真才实学的抉择。宋学之人，多有空言天理，束书不读，言语外似高妙，实则全无根基之辈，这样的人，言语就算看起来再怎么精妙高明，究其本质，依然是不学无术。这‘学’与‘不学’，又怎可一概而言？”阮元自然毫不示弱，向方东树反问道。
“哼，你们天天说宋学之人不学无术，那你等汉学之人，有了学问之后呢？”方东树竟是全不退缩，继续向阮元质问道：“谁不知道现在这些所谓汉学之人，自诩训诂考据可以明圣道，其实一个个都只知埋首经籍，全然不问外事！现世经世之事，他们一概不闻不问，不说别的，这广州鸦片，依然泛滥如故，你们可清楚？！所以我看着，你们汉学之辈，才是真正的巧言令色，诳惑世人，只会害了下一代读书人！”
“方东树，我想着我再怎么不济，汉学学人之中，我是可以占据一席的吧？那你所谓汉学之人埋首经籍，不问世事，不就是你凭空索敌吗？”阮元也当即向方东树反问道：“我释褐为官三十余年，督抚七省二十年，所在之处，无不以实事为重，所行之事，无不以百姓太平，府库充实为先，海塘水利，我多有增修，水旱之灾，我悉心救护，凡有贼盗，我必严加清剿惩处，官府弊政，我必尽力裁而去之，就连你所言鸦片之事，难道这几年我没有尽心剿捕走私之人、违禁绿营吗？你说汉学之人只知旧典，不识世务，我就是研习汉学之人，所以你骂的究竟是谁？！”
“阮公，你所言所行往往不一，你要我如何相信于你？”方东树与阮元激辩了几个来回，眼看自己也没占到多少便宜，言语却也更为尖刻：“不说别的，就你如今编纂这部《皇清经解》，偏狭之见，便即充斥其间！你对外口口声声说，这书录入学人七十四，书作一百八十九，卷帙浩繁。可是我看过你们撰写的目录，这七十四人，包括你自己，无一例外是所谓汉学门下，有一个还是你儿子呢，可是宋学说经之作，你一无所及！更有甚者，你这《皇清经解》录入著作十部以上的，一共就三个人，除了一个你们江苏的同乡程瑶田，另两个就是你和焦循！你自己就录入了十八部书！你儿子为《孝经》作疏，你都要编入《皇清经解》，然后我宋学之人你一概不问，你是想说，我们精研宋学之人，都不如你儿子是吗？！我还听说，你家中有位爱妾，你因为对她喜爱，竟将你自己所作一部论史之书，用上了她的名字！你所言实事求是，就是这样展现给天下士人的吗？”
“方东树，你所言简直荒唐！”阮元初始听着方东树批评《皇清经解》，尚且能够忍受，可方东树说着说着，竟然连阮福和刘文如都一并被他波及，阮元也当即向方东树怒道：“我所录《经解》，必以治经为根本，你宋学之人大多著书便即言理，无治经之言，我如何取录于《经解》之中？你说我儿赐卿之书不堪录入，那要不然咱们试试，我把赐卿《孝经义疏》上的姓名抹去，咱们给未见过此书之人看看，让他们评一评赐卿之书，究竟能不能刊刻！再说了，这《皇清经解》是我倡议刊修，我也出了不少经费，我刻我自己、我儿子和我朋友的书，于你何干？我妾书之本就喜爱书史，她数年之前，便著成了那部《四史疑年录》，你为何却强词夺理，非说是我让她署名？你不相信书之可以自己著书是吗？你没见过女子研习学问是吗？你不相信、你没见过就是没有，是吗？那是我偏爱书之，还是你孤陋寡闻？！”阮福字赐卿，是以阮元对外便以字称之。
“哼，你不还是在巧言强辩吗？那我再问你，你朋友焦循胡乱抨击宋儒，你管不管？焦循曾经妄言，宋儒言性言理，如风如影，以此诋毁宋学，你却还要为这等人修书刊刻？”
“里堂所言哪里错了？宋儒若是一一言而有据，今日哪还有什么汉宋之争，只一概都是汉儒罢了！”
……
阮元就这样与方东树论辩不已，不觉之间，竟然从辰时之正，一直辩论到了未时之初。阮元心中却也诧异，方东树这日显然是准备异常充足，这一部《汉学商兑》之中，竟然前后收集了三十多个问题。到得未初时分，阮元虽是论辩不止，将方东树提出的二十几个问题一一辩过，但方东树竟然越战越勇，而且方东树学问本也深厚，当年南昌与自己论辩的方荣升、杨易等人，不过是寻章摘句的巧辩，论真才实学，那些人加在一起可能还不如半个方东树。是以这次论辩，自己竟是一直无法将方东树驳倒。而且阮元毕竟已经六十二岁，午时之后，他言语思路尚属周密，体力却早已不支。
而方东树辩论到这时，也已经渐渐陷入绝境，方东树也逐渐清楚，宋儒之中贬斥汉学常用的“汉学无用论”，在阮元面前不起作用。阮元为政治学的实际行事，比这时任何一位宋学代表都要高出数倍，而道光五年汉学学派之中，第一位代表性人物便是阮元，自己无法驳倒阮元，就不能证明自己是对的。而阮元的“博学而算”理论，也比自己所言“天理天道”更加精妙，显而易见，阮元身后的学生，都更加愿意接受“博学而算”这种学习方法。
然而方东树与汉学之人先前便已论战多年，这次他著成《汉学商兑》三卷，更是将自己数十年对汉学不满的怨气，一一尽数著于书中，眼看阮元依然屹立不倒，他又怎能轻言放弃？也只好咬牙坚持，将自己所论几十个问题一一抛出，冀求阮元能出现一二疏忽，进而胜过阮元。可到了未时之初，方东树的问题也已经所剩无几。
眼看二人言语之上尚且僵持，可是额上身上，均已冷汗淋漓，吴兰修、林伯桐等人却也忧心，生怕阮元坚持不住竟而染病。无奈之下，各学长只好暗中与严杰等幕僚商议，在未时之初宣布辩论暂停。严杰和萧令裕也立即抢到阮元左右，带了阮元自归督院。
这一日的学海堂激辩，最终未能分出胜负。