亚特兰蒂斯帝国禁军分为皇家舰队和近卫舰队。

    皇家舰队有三大舰队：冠以帝国之名的皇帝御用舰队（下辖十五支皇家禁卫军团）以及南斗北斗两大皇家支援舰队（各自下辖六支和七支舰队共十三支舰队）。

    近卫舰队则以天空的八十八星座命名，共有八十八支舰队。黄道十二宫为SSS级，每个有三个S级近卫集团军，共36个。其余76个SS级舰队每个有两个S级近卫集团军，共152个。

    皇家支援舰队下辖六十五个A级战略支援集团军，充当消防员的角色，属于战略预备队。

    皇家亚特兰蒂斯舰队（皇帝御驾EX级）

    第一皇家禁卫军团（S级王牌部队）神话

    第二皇家禁卫军团（S级王牌部队）神圣

    第三皇家禁卫军团（S级王牌部队）神迹

    第四皇家禁卫军团（S级王牌部队）神祗

    第五皇家禁卫军团（S级王牌部队）神武

    第六皇家禁卫军团（S级王牌部队）神威

    第七皇家禁卫军团（S级王牌部队）神勇

    第八皇家禁卫军团（S级王牌部队）神怒

    第九皇家禁卫军团（S级王牌部队）神憎

    第十皇家禁卫军团（S级王牌部队）神启

    第十一皇家禁卫军团（S级王牌部队）神泣

    第十二皇家禁卫军团（S级王牌部队）神权

    第十三皇家禁卫军团（S级王牌部队）神座

    第十四皇家禁卫军团（S级王牌部队）神魔

    第十五皇家禁卫军团（S级王牌部队）神殇

    南十字星近卫舰队SS级（在编，八十八星座之一）

    第十八近卫合成集团军（S级）

    第二十八近卫合成集团军（S级）

    皇家北斗七星舰队SSS级（下辖天枢、天璇、天玑、天权、玉衡、开阳、摇光七支舰队）第一到第三十五皇家战略支援兵团

    皇家南斗六星舰队SSS级（下辖天府、天梁、天机、天同、天相、七杀六支舰队）

    第三十六到第六十五皇家战略支援兵团