发生的事情，再一次传到曹操耳中，与先前董卓被杀时一样，曹操震惊万分，也在不断庆幸，幸亏当初听了许琛的劝说，没有前往长安迎立天子。
不过，曹操心中依然坚持自己的看法，在将来的路上，以荀彧这样的世家为主，以许琛为辅，或者终有一日能够壮大实力，平叛天下，扶持汉室。
天下百姓还在议论朝廷之事时，朝廷方面一度经历着各种变革，兖州这边也是开始出了乱子。
青州黄巾军大获发展达百万之众，他们攻入兖州，杀死任城国相郑遂，进入东平境内。
许琛得知情况后，想要完成任务，却又想让曹操按照历史轨迹，自此领上兖州牧一职，在兖州刚刚陷入黄巾军的攻伐时，悄然让夏侯惇穿上黄巾军的兵服，混入黄巾军当中。
兖州刺史刘岱欲带兵前往阻击，而济北国相鲍信认为军队现士气低落，不适宜于黄巾军正面交锋，建议固守城池，占据险要地势，让黄巾军求战不得，又攻城不下，如此军心必然离散，到时便可一举攻破。
然而刘岱却不听劝阻坚持带兵前往。
曹操召来荀彧，商议是协助刘岱讨伐黄巾还是留下防守东郡。
荀彧果然建议曹操留在东郡固守不出，待兖州其他势力攻打黄巾，战到差不多的时候，根军情况再出军讨伐。
曹操一边答应着，转眼又去询问许琛。
许琛却持有不同意见，笑道：“孟德尽快准备兵马吧，我已经作了安排，这两日刘岱一旦消失，便有好事发生！”
“哦？什么好事？”曹操来了兴趣。
“孟德将要升大官了！到时候再率领兖州各部兵马，不论战争有多难打，孟德尽管全力讨伐黄巾便是！”
听闻自己将要升任大官，还统领兖州各部兵马，曹操自然想到了兖州牧一职。
可刘岱尚在，怎样也不可能轮到他来坐这个位置。
曹操疑惑的看向许琛，想要征询其中奥秘。
许琛只是笑着摇了摇头，让曹操等着便是，并未多说。
曹操虽然不解，但最终还是按照许琛的建议，先召集和整顿兵马再说。
约有十日后，兖州各地传出消息，刘岱所率领的大军战败，其更是被黄巾军乱刀砍死。
东武阳人陈宫此时站了出来，觉得放眼整个兖州，只有曹操才配的上雄主一说，于是联合兖州各地名士，并找到鲍信，张邈等人，游说他们共同拥护曹操为兖州牧，集合兖州全部力量，镇压黄巾军。
鲍信在早年间讨伐董卓时候就一直很欣赏曹操的为人及英勇，有陈宫这么一说，当即同意。
很快，曹操在众人的拥护之下，成功领了兖州牧一职。
其后，鲍信更是与曹操直接合军，整顿了“已死”的刘岱旧部，前往寿张县以东抵御黄巾军。
临行前，许琛特意嘱咐关羽、张飞，甚至还有夏侯两兄弟，作战之时，多多暗中保护鲍信，以能够完成任务。
虽然不解许琛为何要保护鲍信而不是曹操，但四人心中将许琛侍奉为主，也没有多问，点头应允。
七月初，曹操与鲍信带着一众武将，连同许琛在内，前往寿张县与黄巾军展开交战。
首次作战，曹操与鲍信为了探一下地形，留下许琛在军营，带着上千人潜入敌营附近，许琛并没有阻止。
结果曹操等人竟被黄巾军发现了，双方交战，曹操寡不敌众仓促逃跑，鲍信为了掩护曹操，主动选择断后，与黄巾军死战。
夏侯惇与关羽相视一眼后，夏侯惇留下护卫曹操，而关羽和张飞及时掉头回援鲍信，将鲍信给救了下来。
此战，曹操损失了数百兵卒。
这一败产生了很坏的影响，曹操本来手上的兵力就低于黄巾军的数量，兵卒心中都是有数的，有了这次的失败，都怕得要命。
曹操为鼓舞士气，亲自穿着甲冑，到兵营慰问，还鼓励他们说，在自己军中，赏罚非常分明，只要奋力向前，都有出头之日。
如此番后，士兵们恢复了斗志。
随后，曹操听从荀彧之计，开始设下埋伏，更是亲自率小股军队向黄巾军发起冲击，引敌军追击。
黄巾军因为轻敌，没有提防，进了曹操提前布置的陷阱，曹操大获全胜。
幸运的是，此次与历史不同，许琛安排得到，提前让曹操严加训练兵卒，虽危险重重，但还是多次战胜规模高于自己的黄巾军队伍。
寿张之战取得胜利后，鲍信在许琛的安排下，也是幸运的活了下来。
随后二人再次合军，一路追赶黄巾军到济北国，与黄巾主力军会战。
曹操将招降的黄巾军作为前军，与鲍信的兵马作为后卫，一路击杀各地黄巾军，虽双方都伤亡惨重，但自家的兵卒始终保存了下来。
黄巾军本就是农民出身，压根就是不是曹操这数万经过训练的精锐兵卒的对手。
直到十二月，黄巾军不敌，选择投降，曹操获降卒三十余万，男女人口百余万。
随后曹操从黄巾降军中收编了其中的三万精锐，组成军队，号青州兵，剩余降军全部散在东武阳附近，给其田地，让其务农。
也正是因为曹操不杀黄巾降军，又待黄巾军有恩，这些受降的黄巾军，对曹操异常忠心。
当兖州捷书报到长安后，李傕与郭汜顾及曹操在兖州战胜黄巾军后的名声，只能以朝廷名义封赏曹操为镇东将军。
随后，李傕、郭汜逼迫献帝任命金尚去做兖州刺史，前往兖州赴任，以此来压制曹操，以免曹操势力做大，将来对自己不利。