在经历了第三使徒来袭的数天之后....
NERV总部中.碇源堂正坐在一章长型方桌的中央，他的周围是七名神色各异的老者，他们就是这个世界暗中的掌控者SEELE，即使是联合国也要任他们摆布。
“使徒又来了吗？还是和15年前一样啊，灾难总是来得那样的不可预兆，”一名有着尖锐下巴的西欧老者说道，他的声音尖锐细丝。
“或者说还是很幸运的，至少我们的投资没有白费！”另一名圆脸的老者接着说道，不过他们的矛头都是直指坐在桌子中央的碇源堂，而后者一直默不作声，只是静静地听着。
“这还说不定呢！如果派不上用场就是白费！”
“没错！这些都已经成为众所周知的事实了！如何处置使徒，操纵EVA，运作nerv。如果不快点妥当的处理掉，那就会演变成很大的麻烦”一名鹰钩鼻的男人说道。
虽然成功打败了使徒，但是终究不是在人类的计划中打败的，而且eva的暴走导致的意外收获。
......
“没关系！这些已经妥善的处理了！”笼罩在黑暗中的碇源堂淡淡的说道，桌子上昏暗的灯光从他的镜片中折射出来，几乎完美衬托着这里的压抑气氛。
终于，带着衣服特殊机械眼镜的棕发老者，也就是人类补完计划委员会的基尔议长缓缓开口了。
“那我们来讨论一下，那个和使徒一样时隔十五年重新出现的神秘光之巨人，我们该以怎么样的态度去面对他.......，拜他所赐，第二次冲击没有对人类有着直接伤害......他会是我们计划的阻碍吗？”
.........
与此同时，在第三使徒自爆的中心，NERV的技术科早已经开始了现场的各种取样检测工作，第三使徒自爆后，除了使徒核心完全破坏，没有研究价值，其余的使徒躯体残片还是很有研究价值的。
而技术科的负责人赤木律子利用难得的空闲时间，在临时指挥中心的帐篷内喝着咖啡，当然她也没闲着，另一边还在盯着电脑上不断出现的实验数据。
“今早！非常事态的政府公告会在第三新东京市市政厅召开，市政厅发言人表示......”
驻日联合国部队......
联合国安理会表示......
而负责现场收尾、指挥、调度的葛城美里正穿着厚重的防护服，一只手无聊的扇着扇子，另一只手拿着遥控器更加无聊的换着台，电视上正在播报着前几天事件的政府公告发布会。
由于第二次冲击，地球轨道发生偏移，不但引发了地震、海啸等自然灾害，还使得小日子国所处的位置，常年都是炎热夏季状态，厚厚的防护服让葛城美里脖颈处留下了一串串晶莹的汗珠。
这是按照B-22剧本发布的吗？事实又被隐藏起来啊！葛城美里看着电视上新闻发言人那非常官方，但没有什么实际性内容的发言，一看就是政府拿出来糊弄市民的。
“啊！那是宣传部弄出来的！这次可把他们高兴坏了，毕竟这么久了终于有事情可以做了！”赤木律子一边从打印机中抽出刚刚打印出来的检测报告，一边轻悠悠的说道。
“就是啊！那我们可真是轻松啊！”葛城美里翘着二郎腿，故作轻松地说道。
“没有呢！大家都很害怕呢，不光有使徒，还有那天同样出现的光之巨人！”赤木律子眼神中精光微微一闪。
“啊！也是啊,都没想到，那个光之巨人竟然和使徒一起出现了，说起来我还要谢谢他呢！当年在南极也算是他救了我！是他把我的逃生舱送到了营救队那里的！”葛城美里喝了一口碳酸饮料，眼神有些弥散，似乎是陷入到了回忆之中。
当年在南极大陆，人类针对第一使徒亚当的实验，错误的将人类的基因融入到了亚当的体内，由于人类本质上也属于使徒，于是乎，第一使徒亚当觉醒，四片巨大的光之翼从亚当的背后伸展开来，觉醒的亚当释放出强大的能量冲击，南极科考站瞬间毁于一旦，14岁的葛城美里在被伤痕累累父亲送到唯一的救生舱后，在救生舱即将关闭的最后一刻，她看到了那浑身包裹着光芒的巨人出现.......
后来！整个南极被一个巨大的能量罩笼罩着，而前往营救的船只只能在防护罩外面无奈等待，而营救队通过观察透明的防护罩，惊恐的发现，整个南极冰川大陆在亚当觉醒的能量冲击中全部融化，南极救援队向全人类发出了灾难警告，防护罩消失后，地球海平面将会大范围上升………
直到三个月后，防护罩消失，营救队的船头上，那神秘的光之巨人，将装有葛城美里的的逃生舱放到了甲板上，而后光之巨人凭空消失，葛城美里成了整个南极事件唯一的幸存者，没有人能够解释，为什么葛城美里能够昏迷三个月，不吃不喝却能活下来......
而后，她遇到了一个来自东方华夏的同龄人——李林。
整个南极救援队在南极停留了两年，在长达两年的失语期中，就是这个少年陪伴着她，渡过了人生中最黑暗的时期，他开朗的笑容也感染了葛城美里，为她本应孤拐阴暗的内心带去了一抹阳光........
那个和碇真嗣有着极度相似的面容，在葛城美里见到碇真嗣照片的第一时刻，如果不是因为他是碇司令的儿子，从小到大的经历都受到监控保护，她差点就以为15面前的李林回到了她身边。
世间竟然有如此相像的人，也就是因为如此，她对碇真嗣有着莫名的亲近感........