随着朱国弼打开凤台门，顺军由凤台门经雨花台进入南京外城，勋贵们带领的明军守军见顺军进了外城一下子崩溃，这些南京卫所军和勋贵们的私家军队欺负一下老百姓还行，遇到顺军这样的硬茬子一下子就原形毕露了。
听闻雨花台被顺军占领，徐弘基和刘孔昭这两个负责指挥的勋贵大惊失色，徐弘基本就年岁已高，听到这个消息当场便晕了过去，刘孔昭则急吼吼地带着明军前往雨花台，便令孝陵卫明军前来支援。
只是此时明军早已无心恋战，眼看顺军穿过秦淮河，南京西侧城门守军纷纷打开城门，迎接顺军入城，刘孔昭的明军刚赶到雨花台就被顺军团团围住，反而被顺军困在了雨花台上。
而东边孝陵卫的明军接到刘孔昭的命令之后没有离开，孝陵卫以守卫紫金山和孝陵为由拒绝了刘孔昭的命令，但是他们确实护卫在了紫金山下：
保卫孝陵是孝陵卫的卫所兵印在骨子里的东西，他们虽然拉跨，但也并不懦弱。
得知孝陵卫的明军没有投降，李自成担心顺军贸然动武毁坏明孝陵，赶紧派人通知进军紫金山的李来亨，对他道，
“太祖皇帝扫平群雄，驱逐鞑虏，乃华夏之英雄，我等俱为华夏之人，决不能对太祖皇帝不敬，诸军勿要在孝陵妄动刀枪！”
实际上李自成想多了，在明末农民军各个头领之中，也就八大王张献忠和扫地王张一川这两人在凤阳搞了一波大的，其他农民军首领其实大多对朱元璋是相当崇敬的，毕竟论造反，朱元璋才是真正的高手……
而且有意思的是，张一川和张献忠后来都受过明廷招安，张一川在招安后还与张献忠打了一仗，战败被张献忠所杀，后来还被乾隆帝编入《钦定胜朝殉节诸臣录》，成了大清认证的大明忠臣。
至于你为什么烧了皇陵的人能成大明忠臣，只能我大清估计还是考虑了一些别的东西的。
话回来，李来亨赶到紫金山下之后自然没有对孝陵卫的明军动手，孝陵卫明军也没有出击，双方在紫金山下陷入对峙，不久李自成亲自赶到紫金山，向孝陵卫明军允诺决不碰孝陵一砖一瓦。
当然，如果孝陵卫明军最后选择负隅顽抗的话，李自成还是会下令强攻的，不过好在这种情况最终没有出现，孝陵卫明军在得到李自成的承诺之后最终选择了投降，顺军顺利占领紫金山。
到了这个时候，南京实际上已经被顺军占领，剩下的部分勋贵和他们的私兵根本不是顺军的动手，甚至顺军还没动手，南京士绅们率先动手了：
南京士绅们带领自己的护卫，煽动南京市民进攻勋贵，用他们的话来，就是“为保南京则不得不除大明勋贵！”
于是大明勋贵们陷入了人民战争的汪洋大海之中，最后不得不各自退回自家府邸中，剩下的明军陆续向顺军投降。
很快，不到一的时间，南京城内的反抗势力已经被肃清殆尽，在钱谦益的带领下，南京文武官员和士绅代表在正阳门列队，夹道欢迎永昌皇帝和他的顺军士兵进入南京。
骑着高头大马进入南京的李来亨感慨地道，“当年弟兄们做梦都想进南京城体验一下传中的秦淮河，没想到现在却是南京城开了大门迎我们进来。”
李自成笑着道，“逛秦淮河可以，但我听秦淮河的歌妓们喜欢的是学富五车的大才子，你想得到秦淮歌姬们的喜好，还是需要多读书。”
李来亨本来想就他们这些人，真老实巴交去读书怕是一辈子都到不了秦淮河，不过李自成没有继续和李来亨交谈，他翻身下马，对跪在两旁的一众南京文武道，
“大家都起来，我在北京就过了，古时诸人跪跪地跪父母而已，君臣之间无需下跪，诸位请起！”
李自成一番话让南京文武和士绅对他的好感大为上升，不管李自成是不是作秀，他这番表态至少表明了他对大家伙的态度还是比较友善的。
而顺军进入南京之时仍然保持了不错的军纪，没有胡乱杀人劫掠，这则令南京民众对顺军大为满意，一时之间南京从士绅到百姓都认可了进城的顺军。。
接着，南京城中的勋贵们都被顺军控制起来，李自成原本以为勋贵们会硬气地选择自杀，但事实证明他想多了：
千古艰难唯一死，养尊处优惯聊勋贵们显然没有勇气选择自尽，他们龟缩在府邸中，坐看顺军包围了他们，然后既不战也不死，完全是一副躺平聊样子。。
对于这帮勋贵的处理，李自成仍然秉承了他在北京的做派，只抄家，不杀人，而开城门有功的朱国弼则获得大顺的侯爵：
虽然降级了，但要知道，现在大顺的李过刘宗敏这些元老也只是侯爵而已。
至于南京的文武官员们，由于北京已经有朝廷了，这些人肯定不能全部留用，于是李自成搞了一个类似后世政协的议政厅来暂时安置这些官员。
初步完成了南京的安置之后，李自成自然是第一时间接见了大名鼎鼎的水太凉，牧斋先生钱谦益。
李自成首先道，“牧斋先生学富五车，朕早就想聆听先生的教诲了，可惜俗务缠身，现在终于有机会和先生探讨了。”
钱谦益心想要不是你造反成功了，怕是一辈子都见不到我的，不过他的是，
“陛下过谦了，老夫不过是略读书籍而已，怎比得上陛下行走大半个华夏之阅历？”
两人接着又商业互吹了一番之后开始讨论起了正事：那就是关于钱谦益的职务安排一事。
水太凉先生在历史上没什么太出彩的实质性表现，李自成觉得还是让水太凉先生做一个“文字工作者”的好：
“牧斋先生，想必知道大顺是有报纸这东西，朕有意让牧斋先生掌管报纸和以后大顺的所有教习，不知牧斋先生有意否？”