北洋系内部也不平静，北京政府任命各省督军命令颁布后，很快发生了冯国璋和张勋互争地盘的纠纷。
张勋的地盘应该是在安徽，但他的总部却设在徐州，并将陇海线徐州以东的广大地区据为己有。这些地区是无疑是属于江苏的，冯国璋对此早就很不满。
但是，在袁世凯末期，他正想利用冯、张两人的这一矛盾而视若不见。冯国璋顾及袁的态度，所以只得隐忍。袁死后，督军命令发表后，冯认为不能再容忍了，因此电请张勋移驻安庆以符合定制。
那知张勋却告诉冯，他除了安徽督军一职外，还兼长江巡阅使。江苏是在长江流域内，长江巡阅使驻防徐州不能说不符定制。
冯接了这个电报，气得要死，和张勋无理可讲，便向北京政府提出辞职。
冯辞职当然是一种姿态，是敦促北京下令张勋让徐州。北京政府这时对这种事也是有心无力，只能委婉地劝张自动让防，张勋根本不理。
八月二十九日，冯再电北京政府，历数辫子军在徐海一带横行不法种种，使人民痛苦不堪，冯身为江苏督军，不能坐视不理；加以张对政府命令置之不理，政府应该处理。于是，北京政府再度劝告张勋移驻安庆。
那知张勋也用辞职手段要胁，他电告北京政府宁可辞去安徽督军，也不会让徐州。
这样一来，冯、张的纠纷只好不了了之。
张勋的情况并非个案，安徽省长倪嗣冲的驻地也不在省会安庆而在江苏的蚌埠，安庆只设有督军和省长的驻省办事处。安徽的民政、财政、教育等部门都在省会安庆，省政诸事每天要用函电向蚌埠请示处理。
倪嗣冲也是一个骄横之人，怎么说也不肯离开蚌埠。北京政府虽然一再敦促他把省长公署迁至安庆，他就是不予理会。
这表明，各路诸侯称霸的局面，已经是在形成之中。另一方面，中央政府对底下的掌控，也已经是很软弱了。
六月六日袁世凯去世，六月七日陕西陈树藩宣布取消独立，六月八日四川陈宦宣布取消独立，六月九日广东龙济光也宣布取消独立。段祺瑞对这三个取消独立的地方首长采取各别不同的办法，他的目的只在于达到北洋派专政和分化护力量。
和湖南一样，广东这边也冲突不断。
龙济光本就是在广西护和广东各地民军四面包围下被迫宣布独立的。在宣布独立时，他取得了袁世凯的秘密指示和谅解。虽然独立了，却仍然和袁用密电保持往来，还曾请袁世凯调北洋军由海道开至广东以解救他的危机。袁死后，他又与继承袁的段祺瑞取得了密切联系。
护军务院在肇庆成立后，云南护第二军总司令李烈钧，根据护取道广西和广东向江西进兵的总体安排，率领张开儒、方声涛两个梯团，于五月十二日开到肇庆。
这时袁世凯还未死，龙济光是既不肯出兵北伐，又拒绝滇军通过广州。他所持的理由是害怕引起误会，主客两军自相冲突。
陆荣廷也害怕在广东境内引起这种冲突，因而主张对龙妥协。经和龙济光商定，滇军由肇庆经三水到琶江口，转乘火车到韶关，这样就避开了广州。
六月七日张开儒梯团到达韶关时，袁已去世，龙济光竟借此理由，电令韶关镇守使朱福全闭门不纳，迫使滇军露宿城外。
护国方与韶关守军交涉，又发生了守军在城上架炮轰击护事件，由此而引发了北江之战。
李烈钧率领的滇军在韶州遭遇龙济光的济军攻击后，全军极为愤慨，便对韶州发动猛烈攻击，当日便攻入韶州。
龙济光派军增援，七月三日又被滇军在源潭予以痛击，济军大败。桂军莫荣新乘机由西路攻入三水，龙被迫放弃一切，集中兵力困守广州。
龙济光不和军务院联络便擅自宣告取消独立，就是想摆脱军务院的干涉。他一直认为北洋军系是全国最强大的军事力量，依赖北洋系作靠山，他就不怕滇军和桂军。
他也时刻想着把滇军和桂军驱逐出广东，只有这样，自己在广东才能安枕。在取消独立的同时，秘密电请段内阁，要求三路出兵“援粤”。他所谓的三路就是由海道运输北洋军来粤，和江西、福建两省的北洋军由陆路开进广东。在他看来，这样就可以夹击滇军，先击败滇军再驱逐桂军。
不料这个电报却被军务院截获，由代理抚军长岑春煊通电公布。龙无法抵赖，只好伪造军务院不肯撤销和岑春煊、李烈钧两人密谋攻占广东的往还电以资抵消。
段祺瑞当然不想看到护继续北进，当即接受了龙的乞援电。随后便电令江西督军李纯就近调遣北洋军第六师全部开往赣南，福建督军李厚基率军开往闽南。并派萨镇冰率海军以保护外侨为名开往广州，试图把广东仍保留在北洋军的势力范围之内。
李纯已有江西，李厚基已有福建，既然有自己的地盘，对于广东就不太感兴趣。所以对段的命令阳奉阴违，只是象征地派兵，其目的是防堵滇军侵入赣、闽。
鉴于广东形势的变化，段内阁乃于七月六日发表全国各省军民长官命令时，借机对广东问题大做文章。将李烈钧调到北京“另有任用”，以陆荣廷为广东督军，朱庆澜为广东省长，龙济光为两广矿务督办。同时又任命陆荣廷暂署湖南督军，陆未到广东前，仍由龙济光暂署广东督军。
在这个人事命令中，包含了诸多玄机：其一调李烈钧入京是调虎离山，移开了广东北洋派正面的敌人。其二桂军虽然也和龙济光为敌，可是态度不似李烈钧那么顽强，所以发表陆荣廷为广东督军，就可以软化桂军。其三又派陆荣廷署理湖南督军，是阻止陆到广东接任督军，使龙济光可以继续留在广东督军位子上，以待北洋军的来援。这是一石两鸟的妙计，对滇军是调虎离山，桂军是缓兵之计。
就段祺瑞来说，处理广东问题已是煞费苦心。
段祺瑞对广东的安排引起广东人士激烈的反对，以唐绍仪、梁启超、王宠惠为首的各党各派代表，纷纷电请北京政府罢免这个广东人民的公敌龙济光。于是段乃借口“粤事真相不明”，加派刚由湖南逃出来的汤芗铭为广东查办使，并派海军上将萨镇冰为粤闽巡阅使，借海军来向敌对方面镇压。
汤芗铭和黎元洪、段祺瑞都有相当关系。由于他是湖北人，和黎元洪是同乡，又同为海军学生出身。袁世凯未死前，冯国璋召集南京会议，汤芗铭和冯国璋都是主张袁退位的。冯这样主张，是为了自己想借南方支持登上总统宝座，汤则是自始至终主张由副总统黎元洪继任大总统。
因为这个原故，黎元洪内心对汤极有好感。段祺瑞知汤是在重大压力下被迫宣布独立的，更知道汤这个人不会投靠国民党。加上段这时正要借重汤芗铭的哥哥、进步党领袖汤化龙在国会内相助，所以也极力想拉拢汤芗铭。
段祺瑞派汤芗铭为广东查办使，是想让汤最终署理广东，他的这一招应该是和袁世凯学的。袁世凯在癸丑二次革命时，曾派汤为湖南查办使，率领一部分军舰开到洞庭湖，随后即发表他为湖南都督。广东人士深怕段也来这一手，赶走了一个杀人魔王，又来了一个杀人魔王，因此坚决反对汤到广东。
陆荣廷是怎样想法呢？他的桂军本是向广东和湖南两方面发展的。他在广东，不像滇军那样和济军尖锐化，在滇军和济军相持时，借机带领了一部分桂军开进湖南，把湖南控制在他的手里。
拿湖南和广东相比，湖南地处要冲，内部情况复杂，财源不及广东富饶，两者相较，在鱼与熊掌不可得兼的条件下，陆荣廷当然要舍湖南而取广东。因此，七月十日陆荣廷不理睬北京命令他暂署湖南督军的命令，由衡州班师回桂，集中主力准备开赴广东。
段祺瑞在北京听说陆荣廷由湘班师回桂，正准备入粤的消息后，大为不安。这与他的安排恰恰相反，他本是一套假戏，而陆则是认了真要假戏真做。
段祺瑞这时在处理广东问题时，引起了阁潮。他和北洋诸将，对李烈钧都怀有敌意，认为李是北洋系的大敌。调李入京不过是虚招，他断定李不会受调，就可借机翻脸。秘书长徐树铮了解他的用心，未经阁议讨论和通过，便将令赣、闽两省出兵“讨伐”李烈钧的通电发出，从而导致了内务总长孙洪伊和徐树铮的正面冲突。
这时，在徐州的张勋也于七月三十一日发出通电痛斥李烈钧，主张赣、闽两省出兵“援粤”，接着倪嗣冲电请北京下令“讨伐”李烈钧。北方各省立即随声附和，张怀芝、赵倜、孟恩远、杨善德、阎锡山、冯国璋、王占元、毕桂芳、陈树藩纷纷通电“致讨”，对李烈钧极尽攻击。
八月十一日，北京政府发表处理广东问题的命令说：
“龙济光未交卸以前，责任守土，自应约束将土，保卫治安。李烈钧统率士卒，责有攸归。着即均勒所部，即日停兵。此后如有抗令开衅情事，自当严行声讨以肃国纪。”
段祺瑞此举是想用中央的威信向李烈钧摊牌，如果李烈钧不听命令，就是反抗政府，背叛国家，他便可以号召全国，群起而攻之。
如果真是这样，搞不好国家又是一场内乱。
只是这个时候，陆荣廷已带兵到了肇庆，在滇、桂军双重压力下，“责任守土”的龙济光先不争气而先打了退堂鼓。
龙主动提出卸职条件：（一）济军二万人（虚报）以上，应编为两师；（二）请拨付军饷和移防经费三百万；（三）督办两广矿务，应选择两广扼要地点屯驻济军，在济军驻防区内，其他各军须撤出；（四）督办两广矿务公署应照督军公署的规模，直隶中央，本省长官无权调度。
李烈钧这时也看清楚自己留在广东有碍大局，成为北洋军干涉广东问题的借口。便于八月十七日通电自行解除职务，在粤境内的滇军由张开儒、方声涛两师长直接统辖。
八月二十二日李烈钧和滇军告别。北京对于他肯定是是非之地，他自是不会去的。
急流勇退的李烈钧，于二十七日到肇庆会晤陆荣廷后，取道香港赶赴了上海。
八月二十五日萨镇冰到了广州，和广东省长朱庆澜调停粤局。龙济光讨到饷款后率兵移驻琼州（海南岛），陆荣廷后来在肇庆就职广东督军。
广东的乱局，总算告一段落。