正德四年闰九月，王守仁谪戍期满，复官庐陵县知县。
次年八月，刘瑾被杨一清联合宦官张永设计除去，王宋仁在十二月升任南京刑部主事。正德六年王守仁随即被召入京，历任吏部验封司主事、署员外郎、吏部文选司主事。
正德七年，历任吏部考功司郎中、南京太仆寺卿。
正德九年，升任南京鸿胪卿。
【南赣定乱】
正德十一年八月，兵部尚书王琼对王守仁的才能十分赏识，在王琼的推荐下，王守仁被擢为都察院左佥都御史，巡抚南安、赣州、汀州、漳州等地。
当时，南中地带盗贼蜂拥四起。
谢志山占领横水、左溪、桶冈，池仲容占领浰头，各自称王，与大庾的陈曰能、乐昌的高快马、郴州的龚福全等遥相呼应，攻占、剽掠各处府县。
而福建大帽山的盗贼詹师富等又起兵。
前任巡抚文森托病去职。谢志山联合乐昌的盗贼夺取大庾，进攻南康、赣州，赣县主簿战死。
王守仁到任后，知道官府中有不少人是盗贼的耳目，于是责问年老而狡黠的仆役，仆役浑身哆嗦不敢隐瞒，如实坦白。
王守仁赦免了他们的罪过，让他们侦探叛军的情报，王守仁因此掌握了盗贼的动静。
随后他传檄福建、广东会兵一处，首先讨伐大帽山的盗贼。王守仁用兵诡异、独断，素有“狡诈专兵”之名。
正德十二年正月，王守仁亲自率领精锐在上杭屯兵，假装撤退，出敌不意进攻，连破四十余寨，斩杀、俘获七千多人。
之后，王守仁向朝廷上疏称，自已权力太小，无法命令将士。
王琼上奏，给了王守仁旗牌，可以便宜从事。
七月，王守仁进兵大庾。
十月，王守仁攻克左溪、横水等地，击破匪巢八十四座，斩杀、俘获六千多人。
战后，王守仁在横水设置崇义县，随后率领大军回返赣州，讨伐利头的盗贼，斩杀两千多人。
王守仁率领书生和偏裨，荡平为患数十年的盗贼，附近的人都惊呼王守仁是神。
【宁王之乱】
正德十四年，宁王朱宸濠发动叛乱。
消息传到京城后，朝中大臣震惊不已，只有王琼却十分自信地说：“王伯安在江西，肯定会擒获叛贼。”
当时，王守仁正准备前往福建平定那里的叛乱。
行至江西吉安与南昌之间的丰城时，王守仁得到朱宸濠叛乱的消息，立即赶往吉安，募集义兵，发出檄文，出兵征讨。
一开始，王守仁来了个疑兵之计。他深知如果宁王顺长江东下，那么南京肯定保不住。作为留都的南京丢了，叛军在政治上就会占有一定的主动，平叛就会有困难。
王守仁平定盗贼后兵符已上交兵部，手中无兵。
在江西境内的朝廷官吏都来帮助守仁，又在袁州聚集各府县士兵，征调军粮、制造兵械船只。
王守仁假装传檄各地至江西勤王，在南昌到处张贴假檄迷惑朱宸濠，声称朝廷派了边兵和京兵共八万人，会同自己在南赣的部队以及湖广、两广的部队，号称十六万，准备进攻宁王的老巢南昌。
为争取时间集结军队，又写蜡书让朱宸濠的伪相李士实、刘养正劝朱宸濠发兵攻打南京，又故意泄露给朱宸濠。
此时，李、刘二人果然劝宸濠进兵南京，朱宸濠大疑，按兵不动。
宁王犹疑不定，等了十多天，探知到朝廷根本没有派那么多的兵来，才沿江东下，攻下九江、南康两城，逼近安庆。
而在朱宸濠率兵六万自九江沿江而下、窥伺南京的时候，王守仁已经率领仓促组建的八万平叛军，直捣宁王的老巢——南昌，迫使朱宸濠回援。
当时有人建议王守仁往救安庆，他不肯，分析说：“如果救安庆，与宁王主力相持江上，而南康和九江的敌人就会乘虚攻我后背，我们腹背受敌；而我们直捣南昌，南昌守备空虚，我们的军队锐气正足，必可一举而下；宁王必定回救，到时我们迎头痛击，肯定会取胜。”
后来的事实果如王守仁所料。
此时王守仁大军已集结完毕。
朱宸濠精锐都前往安庆，留守南昌的兵力空虚，王守仁率兵攻打南昌，朱宸濠回兵救南昌。
最终双方在鄱阳湖决战，经过三天的激战，宁王战败被俘，宁王叛乱历时三十五天后宣告结束。
然而，王守仁的平叛大功却没有得到明武宗的认同。
明武宗身边的佞幸之臣，平时与宁王交往密切，心态极端复杂。
一些佞幸之臣希望王守仁将朱宸濠释放，然后再让已经南巡的明武宗亲自“擒获”朱宸濠，以满足武宗的虚荣心。
面对这样复杂的情势，王守仁急流勇退。他将朱宸濠交付当时尚属正直的太监张永，然后称病，以避免卷入更多的政治事端中。
所以，终明武宗一朝，王守仁平叛之功没有得到朝廷的封赏。直到明世宗即位以后，王守仁才得以加官晋爵。
【守制讲学】
正德十六年，明世宗即位，由藩王入继大统的明世宗，在对王守仁有过短暂的赏识之后，便对这位非常能干的臣子采取了冷漠的态度。
在明世宗即位之际，王守仁因父老请归，明世宗说王守仁有擒贼平乱之大功，正要论功行赏，不许他辞官。
同年七、八月，明世宗先升王守仁为南京兵部尚书，不许他推辞，稍后又准许他顺路回去探视父亲。
不久，明世宗加封王守仁为新建伯，世袭罔替。
嘉靖元年，父亲王华去世，王守仁回乡守制。
嘉靖三年，王守仁受邀在稷山书院讲学。
嘉靖四年，王守仁又在绍兴创建阳明书院，其弟子亦开始讲学，传播“王学”。
同年，原配夫人诸氏去世，王守仁续娶张氏，并于次年喜得一子。
嘉靖六年九月，在赴广西平叛前夜，王守仁在天泉桥留下心学四句教法：无善无恶心之体，有善有恶意之动。知善知恶是良知，为善去恶是格物。