建昌之战意义重大，是复兴会成军以来最大规模的战役。是役中，水陆军密切配合、参战部队众多、俘虏众多、战果显著。
部队难得集中一次。在处理战俘的同时，吴捷决定及时总结建昌之战的经验教训，整肃部队，为下一步扩张作准备。
首先，继续坚定不移地加强党建。
各级复兴会支部组织部队有力，尤其是连一级支部，堪称一座打不破的战斗堡垒。复兴会员，特别是支部成员身先士卒，士兵拥戴，在建昌之战中表现抢眼。
在处理俘虏工作上，部队各级支部深入一线，组织开展“诉苦大会”、“迎新大会”，广泛宣传复兴会的主张，在短短时间内争取到一半多俘虏投诚。
第二，大力建设水师。
此战中，水师右二军功劳最大，尤其是右二军一师，居功最伟，为全军所公认。
右二军一师绕行近百里，在洞庭湖几山附近溯流而上，冒险进入赣江。尔后，一师六艘战船绕至清军背后，焚毁清军水师战船，重新夺回吴城镇。
在涂家埠，为破坏敌军浮桥，一师不惜牺牲一艘五百吨蒸汽战船，顺利切断敌军退路。
右二军二师占据修水南岸，阻击清军援军，切断清军粮道。
右二军三师主要负责运输粮草补给，有力地支援了部队作战。
按照复兴会的规定，左七军为陆军，除了打仗，还要代建地方政权，组织地方政府，职权很大。
右二军为水师，主要负责水战、登陆、运输等任务，并不执行土改任务，也不深入内陆组建政府，是一支专业化水师部队。
左七军人多，右二军人少。左七军是复兴会的起家部队，右二军是新建部队。
在复兴会内部，大家总习惯多高看左七军一些。经过建昌之战，大家才认清水师的重要性，对右二军刮目相看。
复兴会以九江为基地，地处长江重镇。不管是行军还是打仗，都离不开一支强大的水师。
半年后，湘军就要打到九江来。湘军之强，强在水师。陆师方面，太平军尚且能与湘军一战，水师则绝对不是湘军的对手。
1855年初，石达开力挽狂澜，采用诱敌深入之计，大败湘军水师，将湘军水师隔成外江水师和内湖水师。但湘军水师很快便重整旗鼓，太平军水师不强，只能望江兴叹。
吴捷镇守九江，将在半年后的九江之战中阻击湘军。为彻底打垮湘军，必须打垮湘军水师，为此就得重点加强右二军水师。
在复兴会内部，不少高级干部都想尽快从太平军中独立，并夺取天京作为复兴会总部。要想和太平军争夺天京，非建强水师不可。
经此一役，水师也吃了不少教训。当前，右二军水师的主要敌人是湘军和绿营水师，未来可能包括太平军水师。
敌人水师孱弱，对付他们并不需要特别先进的战船。在敌军水师战船明显落后的情况下，右二军水师应当着力发展五百吨以下小型火轮，不应盲目求大求快。
另外，水师主要在内陆沿江沿河作战，内地江河湖泊通航条件有限。
千吨战船大而无用，战力浪费，对付国内之敌，就如牛刀杀鸡。
在下一步工作中，水师要着重发展五百吨以下蒸汽战船，积极适应国内江河作战。
第三，重视情报工作，将复兴会政工部内务处改组为敌工处。
战前，内务处率先得到情报。可惜，吴捷并未重视该情报，在战斗初期颇为被动。
情报工作至关重要。湘军中就有专门的情报机构：采编所。采编所曾在1855年预言杨秀清、韦昌辉之间会有火并之事，时间在一年之内，非常准确。
为加强复兴会的情报工作，吴捷特将内务处改组为敌工处，全称为对敌工作处。敌工处总领对敌工作，包括处置俘虏、策反敌人、情报侦察等，与左七军、右二军参谋部情报科互通情报。
第四，扩建骑兵部队。
水师之外，立功最大的，要数骑兵团。
清军进攻建昌县，事出突然，左七军毫无防备。建昌城内守军人数很少，几乎不能支撑。
关键时刻，骑兵团率先赶到，分散敌军兵力，帮助守军顶住敌军进攻，为援军到来争取到宝贵时间。
在当时的战争形态下，骑兵堪称快速机动部队，是陆地作战的重要力量。在不通水路的内陆，骑兵的作用更加明显，必须给予十二分的重视。
吴捷决定扩建骑兵，将左七军骑兵团升级为骑兵师，番号为左七军骑兵师。
同时，各级部队也应提高直属骑兵建制。各步兵师要将师属骑兵营升级为骑兵团。同理，步兵团要有骑兵营，步兵营要有骑兵连。
第五，加强火力建设。
火力面前，一切人心、士气、公理都不足为道。中兴公司的无烟火药、钢质火炮、新式步枪都未投产，对敌人无法形成压倒性的火力优势。
炮兵为战争之神。必须大力加强火力建设，尽早装备优势火力。为此，吴捷决定在复兴会军事部成立火力处，主抓这项工作。
第六，新建步兵第四师。
为了更好的经略饶州府，吴捷决定额外成立一师，番号为左七军第四步兵师。师长为程险峰，兼任师复兴委员，参谋长为方涛。
程险峰原是铜陵天地会的首领，祖上世代经营铜矿，在九江城门山铁矿开矿方面立功很大。
方涛原是左七军第一步兵师一团团长，在鄱阳湖东岸孤军镇守都昌，具有独当一面的能力。
四师的防区主要分布在鄱阳湖东岸，包括南康府都昌县、饶州府。
目前，四师仅据有都昌县一县。吴捷要求他们在一个月内占据整个饶州府，四个月内完成土改。
四师的防区与皖南接壤。皖南矿产丰富，借道皖南可以通往苏南、浙西。日后天京方面有事，四师可以近水楼台，经皖南率先开抵天京。
1856年，杨秀清调石达开回京，进攻清军江南大营。当时，石达开便是经皖南回的天京。
第七，改善指挥体制，捋顺军政主官关系。
在建昌战斗中，不少中下级军官反应，个别复兴委员不懂军事，决策失误，造成无谓的伤亡。
经过反复调研，复兴会下达通知，在军事问题上，改以军事主官的意见为主。尤其是战事紧急时，复兴委员要尊重军事主官，由军事主官专断军事决策。
在各级军政主官配备上，要合理搭配。譬如，军事主官资历浅、经验不足，则应配以资历深、经验足的复兴委员。军事主官性格急躁，则要配以沉稳谨慎的复兴委员。
第八，建立正式的奖惩制度。
有功者奖之，有罪者罚之。这有助于鼓励先进，惩治落后。
按照吴捷的设计，奖励的项目主要包括升职、记功、通报表彰、物质奖励、口头奖励。
升职主要针对士兵和营以下干部，乃是硬性规定。记功分为三等，与日后升职挂钩。
通报表彰，是指在复兴会机关报上、部队内部文件上公开表彰。
物质奖励最为实在，以现钱作表彰。
口头奖励则是在连以上部队集会时，公开给予表扬。
对于犯有过错的官兵，亦有惩戒措施，包括警告、记过、降职、除名等，严重程度依次上升。
第九，其他事项。
譬如，建立军饷制度。复兴会并不以厚饷吸引人当兵，规定士兵每月一两银子军饷。
建昌整军极大地提高了部队的组织力和战斗力，为复兴会下步扩张打下了良好的基础。